【2026年9月〜】労基署の監督指導方針が転換！36協定の「健康確保措置」をやっていない企業は要注意
「労働基準監督署（労基署）の調査といえば、とにかく残業時間を細かくチェックされて、45時間を超えていると一律で指導を受ける…」
そんなイメージをお持ちの経営者様や人事ご担当者様も多いのではないでしょうか。
しかし、2026年9月1日より、労基署による時間外労働等の監督指導方針が大きく見直されました。
今回の見直しによって「指導が甘くなった」と誤解されるケースもありますが、実はその逆です。これからは形式的な時間数チェックから、より実質的な「健康確保措置の実施状況」へとチェックの軸足が移ることを意味しています。
今回は、全業種の企業が今すぐ確認すべき「労基署の新しい監督指導方針」と、36協定における「健康確保措置」の重要性について分かりやすく解説します。
1. 何が変わった？「残業月45時間超」の一律指導が見直しへ
厚生労働省が公表した通達（2026年8月19日公表・9月1日運用開始）により、行政の指導方針が以下のように転換されました。
【見直しのポイント】 時間外・休日労働時間数のみに着目して１か月45時間以内への削減を求める一律の指導を見直し、各事業場が36協定で定める健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認し、確認した状況に応じた必要な指導を行うこととする。
これまでのように「特別条項を出していても、実残業が45時間を超えた事実だけで一律に指導票を交付する」という形式的な対応が姿を消します。
その代わりに重点的に点検されるのが、「各企業が36協定の特別条項で自ら約束した『健康及び福祉を確保するための措置（健康確保措置）』を、実際に現場で講じているか？」という点です。
2. 36協定の「健康確保措置」とは？
（自社の協定書をチェック！）
特別条項付き36協定を締結する際、企業は以下の枠組みの中から1つ以上の「健康及び福祉を確保するための措置」を選択して労基署に届け出ているはずです。
医師による面接指導の実施（限度時間を超えた労働者に対する面接）
深夜労働（22時〜5時）の回数制限（1か月あたりの回数上限の設定）
勤務間インターバルの導入（終業から次の始業までに一定の休息時間を確保）
代休または特別休日の付与（一定時間を超えた場合に休日を与える）
連続休暇の取得（年次有給休暇とは別に連続した休みを与える）
労働者の心身の健康相談窓口の設置
健康診断の実施（定期健診のほか、過重労働者への健康チェック）
多くの企業が陥る「名ばかり健康確保措置」の危険性
問題なのは、「36協定の紙の上ではチェックを入れて提出しているが、社内での運用フローや実際の実施記録が一切ない」というケースです。
過去の監督指導結果を見ても、過重労働による健康障害防止措置について「不十分」または「未実施」として是正勧告や指導を受けた事業場の割合は高水準で推移しています。
今回の指導方針転換により、労基署は「36協定で決めた約束を守っているか（証拠があるか）」をダイレクトに確認しに来ます。「名前だけ選んで書いておいた」状態の企業は、かえって是正勧告を受けるリスクが高まったと言えます。
3. 企業が今すぐ取り組むべき「3つの緊急対策」
2026年9月以降の新しい労基署対応に向けて、全業種の経営者・労務担当者様が取り組むべきアクションは以下の3点です。
① 自社の36協定（特別条項）の「健康確保措置」を今すぐ開いて確認する
まずは、自社が労基署に提出している36協定届の控えを取り出し、特別条項部分にどの健康確保措置が記載されているかを確認してください。
② 選択している措置の「実施証拠（ログ・記録）」があるか確認する
例えば、
「面接指導」を選んでいる場合 → 対象者の抽出基準と面接の実施記録はあるか？
「勤務間インターバル」を選んでいる場合 → 勤怠打刻データで休息時間が確認できるか？
「健康相談窓口」を選んでいる場合 → 従業員への周知実績や窓口の設置実態はあるか？
といった運用実態をチェックします。
③ 実態に合っていない場合は、36協定の見直しや社内ルールの再構築を行う
実情と乖離している措置を選んでいる場合は、実態に合わせた運用フローを整えるか、次回の36協定更新時に実現可能な措置へと変更・再締結を行う必要があります。
総括：労務管理は「時間の帳尻合わせ」から「実質的な健康管理」へ
今回の労基署の指導方針転換は、企業にとって「一律の45時間縛り」という無理な指導から解放される一方、「従業員の健康を守る仕組みが本当に機能しているか」が厳しく問われる時代の到来を意味しています。
「自社の36協定に書かれている健康確保措置で大丈夫だろうか」
「面接指導や勤務間インターバルの運用ルールをどう作ればいいか分からない」
とお悩みの経営者様・人事ご担当者様は、ぜひお気軽に当事務所までご相談ください。
貴社の事業実態に合わせた実効性のある労務管理態勢の構築をサポートいたします。
